Vanaf 1978 werkte Henk Don bij het Centraal Planbureau (CPB), met een onderbreking van een jaar toen hij aan de Universiteit van Pennsylvania werkte. Tot 1984 was hij betrokken bij de ontwikkeling van modellen voor de nationale en wereldeconomie. In 1985 werd hij sectorhoofd en in 1989 onderdirecteur. Zijn laatste functie bij het CPB was die van directeur. Een functie die Don bekleedde van 1994 tot februari 2006. Daarnaast was hij van 1990 tot 1999 deeltijdhoogleraar economie aan de Universiteit van Amsterdam. Van 1 mei 2006 tot 1 oktober 2009 was hij bijzonder hoogleraar Econometrie en Economisch Beleid aan de Erasmus Universiteit Rotterdam.
Henk Don studeerde econometrie aan de Universiteit van Amsterdam en promoveerde aan dezelfde universiteit met een proefschrift getiteld ‘Linear methods in non-linear models’.